孕后期臀部两侧骨头痛，主要与以下几方面原因有关：
一、胎儿或羊水负荷过重，导致后侧骶髂关节负担加大，引发骶髂关节周围炎症，从而出现疼痛。这是因为到了孕后期，胎儿体积增大以及羊水增多，会使得身体后侧的骶髂关节承受了巨大的压力，长时间的重压容易诱发该部位的炎症反应，而炎症的刺激就会造成臀部两侧骨头出现疼痛。
二、与骨质疏松相关。由于胎儿生长会大量消耗母体中的钙质，如果此时孕妇营养跟不上，就容易产生骨质疏松，进而导致腰椎、骨盆以及下肢等部位出现骨性疼痛。因为在孕期，胎儿发育对钙的需求不断增加，如果母体摄入的钙质不足，就会导致自身钙质流失，骨骼密度下降，引起骨质疏松，这种情况下，身体多处骨骼包括臀部两侧骨头都可能有疼痛表现。
三、患者长时间挺起腹部，造成臀部以及腰骶部位的肌肉疲劳而产生酸痛，有时会被误认为是骨性疼痛。孕妇在孕后期往往会不自觉地挺起腹部来保持平衡和适应身体的变化，这样的姿势长时间持续，就容易使臀部和腰骶部的肌肉过度紧张和劳累，产生酸痛感，而这种酸痛可能被误以为是骨头的疼痛。
四、可能在妊娠后期出现腰椎间盘突出或坐骨神经痛等周围神经病变，引起放射性疼痛，被误以为是骨性疼痛。在孕后期，孕妇身体重心发生改变，腰部所承受的压力也会增大，再加上孕期激素水平的变化等因素，可能会导致腰椎间盘突出的发生或原有病情加重，或者引发坐骨神经痛等周围神经病变，这些病变所产生的疼痛会沿神经放射，可能导致臀部两侧骨头区域有疼痛感觉，从而容易被误认为是骨头本身的问题。
总之，孕后期臀部两侧骨头痛可能由多种原因引起，需要仔细甄别，必要时寻求专业医生的帮助。