口腔溃疡的发生是多种因素综合作用的结果，大约有20% - 30%的人会受到口腔溃疡的困扰。
一、免疫系统因素
自身免疫反应异常： 当人体的免疫系统出现紊乱时，可能会错误地攻击口腔黏膜组织，从而引发口腔溃疡。比如患有自身免疫性疾病的人群，像白塞病患者，口腔溃疡往往是其典型症状之一，而且容易反复发作。免疫力低下时易发病： 当人体处于疲劳、睡眠不足、压力过大等状态时，免疫力会暂时下降，这时候就更容易遭受病原体的侵袭，进而诱发口腔溃疡。比如连续熬夜加班后，很多人会发现嘴里长了溃疡。
二、营养缺乏因素
维生素缺乏： 尤其是维生素B族（如B2、B6、B12等）缺乏时，会影响口腔黏膜的正常代谢，导致黏膜抵抗力下降，容易长口腔溃疡。例如长期挑食、偏食的人，很可能因为维生素摄入不足而引发口腔溃疡。微量元素缺乏： 像锌、铁等微量元素缺乏也与口腔溃疡的发生有关。锌参与人体多种酶的合成和代谢，缺乏锌会影响细胞的正常分裂和修复，从而增加口腔溃疡的发病几率；铁是血红蛋白的重要组成成分，缺铁会影响口腔黏膜的血液供应，也容易导致口腔溃疡出现。
三、局部刺激因素
牙齿咬伤： 不小心咬到口腔黏膜，就会形成创伤性溃疡。比如吃饭时说话、咀嚼过快，牙齿意外咬到颊黏膜、舌黏膜等部位，就会在咬伤处形成溃疡，这种溃疡一般会在1 - 2周内逐渐愈合，但如果反复咬伤，就可能长期不愈。不良修复体刺激： 口腔内有不合适的假牙、牙套等修复体，它们的边缘不光滑或者位置不合适，会持续摩擦口腔黏膜，长时间的刺激就会引发口腔溃疡。例如不合适的假牙佩戴一段时间后，与黏膜接触的部位会出现红肿、溃疡等情况。