食管反流通常是多种因素共同作用导致的。一般来说，食管下括约肌功能障碍是重要原因之一，比如约有15%-30%的胃食管反流病患者存在食管下括约肌压力降低的情况。
食管下括约肌结构或功能异常
食管下括约肌压力降低：正常情况下，食管下括约肌能阻止胃内容物反流至食管，当它压力降低时，就容易让胃里的胃酸等反流到食管，像肥胖人群中就较常见食管下括约肌压力降低的情况。食管下括约肌结构异常：比如食管裂孔疝患者，食管下括约肌周围的结构发生改变，也会影响其功能，导致反流发生。
食管清除作用降低
正常食管清除能力：食管会通过蠕动等方式清除反流物，正常情况下能较好地把反流的胃酸等排出去。清除能力下降：当食管蠕动减慢等情况出现时，食管清除反流物的速度就会变慢，使得胃酸在食管内停留时间延长，增加对食管黏膜的刺激，比如老年人食管蠕动功能可能相对较弱，就更容易出现食管清除作用降低进而引发食管反流。
胃排空延迟
胃排空正常情况：食物进入胃后会正常排空到小肠。胃排空延迟影响：当胃排空延迟时，胃内食物潴留，胃内压力升高，就容易导致胃内容物反流至食管，像糖尿病患者常伴有胃轻瘫，就是胃排空延迟的一种情况，这类患者发生食管反流的几率相对较高。
饮食生活因素
饮食方面：进食过多高脂肪、巧克力、咖啡等食物，会降低食管下括约肌压力，从而诱发食管反流。比如一次性大量食用高脂肪食物后，就可能增加反流风险。生活方式：长期吸烟、饮酒也会影响食管下括约肌功能，增加食管反流的发生概率。另外，超重或肥胖人群，腹部压力增加，也容易促使胃内容物反流到食管。