胃肠感冒主要是由病毒感染引起的，其中最常见的是柯萨奇病毒，约占引起胃肠感冒病毒的40%左右。
病毒感染途径
通过呼吸道侵入： 当人体抵抗力下降时，如劳累后，空气中的柯萨奇病毒等就容易通过呼吸道进入人体，进而影响到胃肠道。比如在流感高发季节，周围有人患感冒，通过空气飞沫传播，就可能让自身感染病毒引发胃肠感冒。经消化道进入： 食用了被病毒污染的食物或水，病毒会在消化道内繁殖，从而引起胃肠感冒。像夏天食物容易变质，如果吃了被柯萨奇病毒污染的变质水果，就很可能患上胃肠感冒。
自身抵抗力因素
儿童易患病： 儿童的免疫系统还未发育完善，相对成人更容易受到病毒侵袭。比如3岁以下的幼儿，自身抵抗力较弱，在接触到病毒时，就比成年人更易引发胃肠感冒。一般来说，5岁以下儿童患胃肠感冒的几率比成人高2 - 3倍。老年人抵抗力差： 老年人随着年龄增长，身体各项机能衰退，免疫力下降。60岁以上的老年人，胃肠功能和免疫功能都不如年轻人，所以也更容易被病毒感染引发胃肠感冒。
环境因素影响
季节变化： 春秋季气温变化较大，人体容易适应不良，从而降低抵抗力，增加感染病毒的风险。比如在春季，早晚温差大，若没有及时增减衣物，就可能引发胃肠感冒。居住环境拥挤： 像学校宿舍、集体生活场所等，如果人员密集，空气不流通，病毒更容易传播。在这样的环境中，感染胃肠感冒病毒的几率会明显增加。