口腔溃疡的发生通常与多种因素有关，比如机体免疫力下降时就容易引发，有研究表明，约20% - 30%的人在免疫力降低时会出现口腔溃疡。
局部创伤因素
口腔划伤： 比如吃东西时不小心被牙齿或坚硬食物划伤口腔黏膜，就可能形成口腔溃疡。比如啃苹果时力度不当，牙齿边缘划伤口腔内侧，短时间内就可能出现溃疡创面。牙齿刺激： 不合适的假牙、锐利的牙尖等会反复摩擦口腔黏膜，长期刺激也会导致口腔溃疡。例如，假牙佩戴不合适，持续摩擦口腔软组织，几周后就可能引发溃疡。
营养缺乏因素
维生素缺乏： 当人体缺乏维生素B族，尤其是维生素B2、B6等时，容易出现口腔溃疡。像长期挑食、节食的人，很可能摄入维生素不足，据统计，约1/3的口腔溃疡患者存在维生素B族缺乏情况。微量元素缺乏： 锌、铁等微量元素缺乏也与口腔溃疡有关。比如孕妇在孕期如果锌元素摄入不足，就较易发生口腔溃疡，因为胎儿生长会消耗大量锌，孕妇自身容易缺乏。
免疫系统因素
自身免疫反应： 当机体免疫系统出现紊乱时，会错误地攻击自身的口腔黏膜组织，从而引发口腔溃疡。比如患有自身免疫性疾病如白塞病时，口腔溃疡是常见症状之一，患者口腔内会反复出现多个溃疡，持续时间较长。免疫功能低下： 像艾滋病患者、长期使用免疫抑制剂的人，由于免疫功能受到抑制，抵御病原体的能力下降，更容易受到病毒等感染而出现口腔溃疡。例如，长期服用糖皮质激素的患者，口腔溃疡的发生率比正常人高很多。
其他因素
精神因素： 长期精神紧张、焦虑、压力过大等会影响机体的神经 - 内分泌 - 免疫调节网络，从而诱发口腔溃疡。比如学生在考试前，由于精神高度紧张，约有40%的人会出现口腔溃疡。激素变化： 女性在月经周期前后，体内激素水平发生变化，也容易出现口腔溃疡。有研究发现，约60%的女性患者在月经来潮前口腔溃疡发作频繁，这与雌激素水平变化有关。