女性衣原体感染后，临床表现多样。约有一半的患者可能没有明显症状，而有症状的患者，常见的表现有泌尿生殖道症状，比如尿道会有瘙痒感，大约有1/3的患者会出现尿频、尿急的情况。
泌尿生殖道局部表现
尿道炎表现： 女性感染衣原体后引发的尿道炎，尿道分泌物一般比较少，呈黏液性或者黏液脓性。部分患者排尿时会有刺痛感，尿道口可能会有轻度红肿。例如，有些患者会感觉尿道内有轻微的灼热样不适。宫颈炎表现： 感染衣原体导致宫颈炎时，宫颈会有充血、水肿的情况，可能会有黏液脓性分泌物从宫颈口流出。患者可能会出现白带增多的现象，白带质地黏稠，颜色可能发黄。而且宫颈容易出血，接触性出血的情况时有发生。
全身症状表现
发热情况： 部分女性衣原体感染较为严重时可能会出现低热，体温一般在37.5℃~38℃左右，持续时间可能不长，但也有少数患者会有中热情况，不过相对较少见。乏力表现： 患者会感觉浑身没劲儿，精神状态不佳，日常活动时容易疲劳，影响正常的生活和工作状态。
并发症相关表现
盆腔炎表现： 如果衣原体感染没有及时治疗，可能会引发盆腔炎。患者会出现下腹部疼痛，疼痛程度因人而异，有的是隐痛，有的可能较为明显。还可能伴有腰骶部酸痛，月经也会出现异常，比如月经量增多、经期延长等情况。输卵管炎表现： 输卵管受到衣原体感染引发炎症后，可能会导致输卵管粘连、堵塞等问题。这会影响受孕，增加宫外孕的发生风险。比如有些女性因为输卵管问题，多次尝试备孕都未能成功，检查后发现是输卵管因衣原体感染出现了病变。