衣原体感染的临床症状因感染部位不同而有所差异。男性泌尿生殖道感染衣原体时，约有50%的人会出现尿道刺痒、灼痛等症状，还可能有尿频、尿急，尿道口轻度红肿，分泌物稀薄，量少，为浆液性或脓性，晨起有“糊口”现象。女性泌尿生殖道感染衣原体后，可能出现宫颈炎症，表现为宫颈充血、水肿、糜烂，有黏液脓性分泌物，部分患者可能没有明显症状，但也可能出现阴道分泌物增多、下腹不适等。
泌尿生殖系统感染症状
男性尿道感染：除了尿道刺痒、灼痛，严重时可能影响排尿，导致排尿困难。部分患者还可能合并附睾炎，出现附睾肿大、疼痛、触痛等症状。女性宫颈感染：除了宫颈的相关表现，若感染上行，累及输卵管等部位，可能引发盆腔炎，出现下腹部疼痛、发热等症状，严重的盆腔炎可能影响生育功能。
眼部感染症状
沙眼衣原体感染：可引起沙眼，急性期表现为眼红、眼痛、异物感、流泪、大量脓性分泌物等，若不及时治疗，转为慢性期，可能出现眼睑内翻、倒睫、角膜混浊等，影响视力甚至导致失明。新生儿眼感染：多由母亲产道感染，出生后1-14天出现症状，表现为眼结膜充血、水肿，有黏液脓性分泌物。
呼吸道感染症状
肺炎衣原体感染：多见于儿童，起病相对缓慢，初期可能有上呼吸道感染症状，如鼻塞、流涕等，之后出现咳嗽，多为干咳或少量黏痰，可持续数周，部分患儿可能伴有发热、咽痛等。鹦鹉热衣原体感染：可引起肺炎，患者多有接触鸟类等宠物的病史，起病较急，有发热、头痛、肌肉酸痛、咳嗽等症状，咳嗽多为干咳或少量黏痰，严重者可能出现呼吸困难。