衣原体感染的表现因感染部位不同而有所差异。比如泌尿生殖道感染衣原体时，男性可能出现尿道刺痒、灼痛，还可能有尿频、尿急，晨起尿道口有少量黏液性分泌物，有时呈脓性分泌物，约20%的患者无症状；女性泌尿生殖道感染衣原体后，可能出现白带增多、下腹部不适等，部分人也可能没有明显症状。
泌尿生殖道感染表现
男性泌尿生殖道衣原体感染： 早期症状较轻，可能先是尿道内不适、刺痛，接着出现尿痛和脓性分泌物，少数人会有尿频。部分人症状不典型，容易被忽视。女性泌尿生殖道衣原体感染： 多数女性感染后症状不明显，有症状的可能表现为阴道分泌物增多，呈黏液脓性，外阴瘙痒，还可能伴有尿急、尿频等尿道刺激症状。
眼部感染表现
沙眼衣原体眼部感染： 可引起沙眼，早期症状有眼睛痒、异物感、怕光、流泪，伴有较多黏液或黏液脓性分泌物。病情发展可能出现眼睑红肿、结膜充血肥厚、乳头增生等，严重的会影响视力，甚至导致失明。
呼吸道感染表现
肺炎衣原体呼吸道感染： 儿童感染后多表现为发热、咳嗽，咳嗽一般为干咳，可持续1 - 3个月，有的还伴有咽痛、声音嘶哑等症状。成人感染后可能出现咽痛、鼻塞、流涕等上呼吸道感染症状，继而发展为咳嗽，咳嗽可持续数周。