肠道菌群失调可能出现多种症状。据相关研究，约有30% - 50%的肠道菌群失调患者会出现消化系统方面的异常。
消化系统症状
腹痛腹泻： 肠道菌群失调时，有害菌增多可能导致肠道蠕动紊乱，约20% - 30%的患者会出现腹痛腹泻情况，大便可能呈稀水样，每天排便次数可能增加至3 - 5次甚至更多。腹胀恶心： 肠道内菌群失衡会影响食物的正常消化吸收，大约40%的患者会有腹胀感觉，同时可能伴随恶心症状，尤其在进食后更为明显。
全身症状表现
免疫力下降： 肠道菌群与人体免疫力密切相关，菌群失调后，人体抵抗力会降低，约60%的患者会更容易感冒、生病，比如原本一年感冒1 - 2次的人，可能会增加到3 - 4次。疲劳乏力： 由于肠道对营养物质的吸收出现障碍，身体能量供应不足，约50%的患者会感到疲劳乏力，即使休息充足也难以缓解这种状态。
情绪与心理影响
焦虑抑郁倾向： 肠道和大脑通过“肠 - 脑轴”相互关联，菌群失调可能影响神经递质的合成，约40%的患者会出现焦虑、抑郁情绪，表现为情绪低落、对事物缺乏兴趣等。睡眠障碍： 肠道菌群失调可能干扰睡眠调节机制，大约30% - 40%的患者会出现睡眠问题，如入睡困难、多梦、易惊醒等，长期睡眠障碍又会进一步加重菌群失调的状况。