肠道菌群失调时会出现多种症状。一般来说，约30% - 40%的肠道菌群失调患者会首先出现消化系统方面的表现。
消化系统症状
腹痛腹胀： 肠道菌群失调可能导致肠道蠕动紊乱，进而引起腹痛腹胀。部分患者会感到腹部隐隐作痛，且有胀满感，尤其在进食后可能会加重。比如一些患者会描述进食少量食物后就觉得肚子很胀，还伴有隐隐的疼痛。腹泻或便秘： 一方面，肠道菌群失调可能使肠道的吸收和分泌功能异常，导致腹泻，每天排便次数可能增多，甚至达到3 - 5次以上，粪便稀溏；另一方面，也可能出现便秘情况，排便困难，间隔时间延长，有的患者2 - 3天才排便一次，粪便干结。
全身症状表现
免疫力下降相关： 肠道菌群与人体免疫力密切相关，菌群失调时，人体免疫力可能受到影响，容易出现反复感冒的情况。比如原本一年感冒1 - 2次的人，菌群失调后可能一年感冒3 - 4次甚至更多。同时，还可能出现疲劳乏力的感觉，即使休息充足，也会觉得浑身没劲儿，影响日常的工作和生活。
其他相关症状
情绪方面影响： 肠道和大脑有“肠脑轴”的联系，菌群失调可能影响情绪，导致焦虑、抑郁等情绪问题。研究发现，约20% - 30%的肠道菌群失调患者会出现不同程度的情绪异常，比如容易焦虑不安，或者情绪低落、对事物缺乏兴趣等。营养吸收问题： 肠道菌群有助于营养物质的吸收，菌群失调时可能影响维生素等营养物质的吸收，进而出现皮肤问题，像皮肤干燥、粗糙，或者出现口腔溃疡等情况。例如部分患者会发现皮肤变得没有光泽，容易长口腔溃疡，而且不容易愈合。