胃肠道菌群失调时，常见的症状表现多样。比如部分人会出现消化系统方面的问题，大约有30% - 50%的患者会有腹胀的情况，感觉肚子里有气，老是鼓胀。
消化系统症状表现
腹痛： 不少胃肠道菌群失调的人会有腹痛现象，疼痛程度不一，有的是隐隐作痛，有的可能较为明显。一般是因为菌群失调后，肠道正常的消化吸收环境被破坏，肠道蠕动等功能紊乱引起。腹泻或便秘： 腹泻较为常见，每天大便次数可能增多，粪便性状改变，变得稀薄；而有些患者则会出现便秘，排便困难，间隔时间长。这是因为菌群失调影响了肠道对水分和食物残渣的正常处理，导致肠道的排泄功能出现异常。
全身症状体现
乏力： 由于胃肠道菌群失调影响了营养物质的吸收，身体得不到充足的能量供应等，患者会感觉浑身没劲儿，精神状态也相对较差。一般这种乏力感会随着菌群失调的改善而有所缓解。免疫力下降相关表现： 比如容易感冒等。因为肠道菌群与人体免疫力有密切关系，菌群失调后，肠道免疫屏障功能受影响，使得身体抵御外界病菌的能力下降，所以更容易受到病毒等的侵袭而感冒。
其他相关症状
食欲改变： 有的患者会出现食欲减退，不想吃东西；而少数人可能会出现食欲亢进，总是感觉饿。这也是因为菌群失调影响了胃肠道的正常消化和内分泌等功能，从而影响了食欲中枢的调节。口臭： 当胃肠道菌群失调时，肠道内的一些异常发酵等情况可能会导致产生有异味的气体，这些气体上逆就可能引起口臭问题。