肠道菌群失调的症状多样，常见的有消化功能方面的表现，比如约30%的肠道菌群失调患者会出现腹胀，每天腹胀时间可能持续2~3小时不等；还会有大便性状改变，像腹泻，一天可能排便3~5次，大便多为稀水样；也可能出现便秘，排便间隔延长至3~4天一次。
消化功能相关症状
腹胀：肠道菌群失调时，有益菌减少，有害菌增多，会影响食物的正常消化发酵，导致气体产生增多，从而引发腹胀，部分人腹胀会持续较长时间。腹痛：约20%的肠道菌群失调患者会出现腹痛，疼痛程度不一，有的是隐痛，有的是阵发性绞痛，疼痛部位多在脐周附近。
大便性状改变
腹泻：肠道菌群失调会使肠道的屏障功能和消化吸收功能受到影响，导致水分吸收障碍，出现腹泻症状，大便多为稀便，严重时可能呈水样便。便秘：菌群失调可能影响肠道的蠕动功能，使肠道蠕动减慢，粪便在肠道内停留时间过长，水分被过度吸收，导致大便干结，引发便秘。
全身表现
疲劳乏力：由于肠道菌群失调影响了营养物质的吸收，身体得不到充足的能量供应，约40%的患者会出现疲劳乏力的感觉，即使休息后也难以缓解。免疫力下降：肠道是人体重要的免疫器官，肠道菌群失调会使免疫力降低，容易受到外界病菌的侵袭，表现为经常感冒、生病等，比如原本一年感冒1~2次的人，可能会增加到3~4次。