肾结石的形成与多种因素相关。一般来说，尿液中某些物质浓度过高，超过了其在尿液中的溶解度，就容易析出形成晶体，逐渐聚集形成肾结石。比如，尿液中钙、草酸、尿酸等成分异常增多时，就可能增加肾结石的发病风险。正常情况下，人体尿液中各种物质保持着动态平衡，但当某些因素打破这种平衡，就会促使肾结石形成。
代谢异常导致
尿液成分异常： 当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质排出量增加时，就容易形成结石。例如，尿钙排泄增多，超过了肾脏的重吸收能力，就可能导致钙在肾脏内沉积，进而形成含钙的肾结石。研究发现，约80%的肾结石患者存在尿液成分异常的情况。尿酸代谢紊乱： 尿酸是嘌呤代谢的产物，如果体内尿酸生成过多或肾脏排泄尿酸减少，血尿酸浓度升高，尿酸随尿液排出时，若尿液pH值较低，尿酸就容易结晶析出，形成尿酸结石。
局部因素影响
尿路感染： 泌尿系统感染时，细菌、脓块等会作为核心，使尿液中的矿物质围绕其沉积，从而形成结石。比如，变形杆菌等细菌能分解尿素，使尿液碱化，促使磷酸镁铵和磷酸钙沉积，引发感染性肾结石。尿路梗阻： 尿路梗阻会导致尿液排出不畅，使尿液在肾脏内潴留，造成晶体物质沉积，进而形成结石。像先天性肾盂输尿管连接部狭窄、输尿管结石等都可能引起尿路梗阻，增加肾结石的发生几率。例如，尿路梗阻时间超过6个月，肾结石的发生率会明显升高。
生活方式因素
饮水不足： 每天饮水量过少会使尿液浓缩，尿液中晶体物质的浓度升高，容易形成结石。建议肾结石患者每天饮水量应达到2000 - 3000毫升以上，以稀释尿液，减少晶体沉积。饮食不当： 长期高钙、高草酸、高嘌呤饮食也容易诱发肾结石。比如，大量摄入菠菜、苋菜、巧克力等富含草酸的食物，会使尿液中草酸含量增加；过多食用动物内脏、海鲜等富含嘌呤的食物，会使尿酸生成增多，增加尿酸结石的形成风险。此外，高盐饮食会增加尿钙排泄，也不利于预防肾结石。