肛周脓肿主要是由肛腺感染引起的。肛腺开口于肛管直肠交界处的肛窦处，肛窦易受粪便损伤而感染，然后蔓延至肛腺。肛腺感染后可向上、下、外扩散，从而形成肛周脓肿。据统计，约90%的肛周脓肿与肛腺感染相关。
肛窦感染引发
肛窦特点： 肛窦呈口袋状，容易积存粪便和细菌，当粪便等异物进入肛窦后，就容易引发感染。比如长期便秘的人，粪便干结容易擦伤肛窦，进而导致感染发生。感染蔓延： 肛窦感染后，炎症会沿着肛腺导管向肛腺蔓延，使肛腺发炎肿胀，炎症进一步扩散，就可能形成肛周脓肿。
肛门周围皮肤感染导致
皮肤破损： 肛门周围皮肤如果有擦伤、裂伤等破损情况，细菌就容易侵入。比如久坐导致臀部皮肤受压摩擦破损，或者不小心被异物划伤肛门周围皮肤，都可能让细菌进入引发感染。毛囊炎等感染扩散： 肛门周围的毛囊炎、疖肿等皮肤感染性疾病，如果没有及时治疗，感染可能会向深部组织蔓延，进而引发肛周脓肿。例如肛门周围长了一个小疖肿，没有重视，感染加重后就可能发展成肛周脓肿。
身体免疫力低下因素
疾病影响： 患有糖尿病等基础疾病的人，身体免疫力相对较低，容易受到细菌侵袭。据研究，糖尿病患者发生肛周脓肿的几率比正常人要高不少。因为高血糖环境有利于细菌生长繁殖，而且免疫力低下使得身体难以有效抵抗感染。长期使用免疫抑制剂： 一些患者因为自身免疫性疾病等原因长期使用免疫抑制剂，如器官移植后需要长期服用免疫抑制剂来防止排异反应的患者，其身体免疫力被抑制，对细菌的抵御能力下降，容易发生肛周脓肿。