小孩子指甲凹凸不平的原因主要包括营养不良、真菌感染、外伤等。
一、营养不良。如果小孩子存在挑食、偏食的情况，就会导致营养物质摄入不足，从而容易引起身体营养不良。当这种营养不良累及指甲时，就会造成指甲营养不良，进而出现甲板变薄、甲横纹以及凹凸不平的小点等情况。比如缺乏蛋白质、维生素A、钙、铁等营养成分，都可能对指甲的正常生长和发育产生影响。
二、真菌感染。若小孩平时不注重手部的卫生护理，就可能发生真菌感染。真菌感染这一疾病因素会使指甲变黄、增厚、变色、翘起，同时指甲表面也会变得凹凸不平。常见的如灰指甲等真菌感染疾病，就常常会有这些表现。
三、外伤。如果小孩的手不慎受到外伤，像是被门缝挤压或者被石头砸伤等，都可能伤害到指甲，导致甲床受损，进而出现指甲凹凸不平的现象。
当发现小孩指甲凹凸不平时，要做好局部卫生护理工作。同时要调整饮食结构，增加富含维生素以及蛋白质等食物的摄入。必要时需带小孩去医院进行详细检查，以明确是否存在疾病因素。总之，要重视小孩指甲凹凸不平这一情况，及时查找原因并采取相应措施。