附睾囊肿是否影响生育不能一概而论，一般较小的附睾囊肿通常不会影响生育，而较大的附睾囊肿可能会对生育有一定影响，约有10% - 15%的情况可能因囊肿影响精子的输送等而影响生育。
囊肿大小与生育的关系
较小的附睾囊肿：如果附睾囊肿直径在1厘米以内，这种情况下对睾丸的生精功能以及精子的输送通道影响较小，一般不太会影响生育。因为其体积小，不会压迫到附睾管等结构，精子能够正常生成和运输。较大的附睾囊肿：当附睾囊肿直径超过2厘米时，就有可能压迫附睾管，影响精子的输出，进而影响生育。因为附睾管是精子运输的重要通道，囊肿压迫后可能导致精子排出受阻，使得精液中精子数量减少，从而影响受孕的概率。
囊肿位置对生育的影响
靠近附睾头部的囊肿：附睾头部是精子进入附睾的起始部位，如果囊肿位于附睾头部，可能会影响精子从睾丸进入附睾的初始过程，进而对生育产生不利影响。因为精子首先需要从睾丸进入附睾头部的管道系统，如果这里有囊肿阻挡，会干扰精子的正常转运。靠近附睾尾部的囊肿：相对来说，附睾尾部的囊肿对生育的影响相对小一些，但如果囊肿较大同样也会有影响。不过相比头部囊肿，尾部囊肿对精子运输通道的直接影响可能稍缓，但长期存在较大囊肿也会影响精子的储存和输出平衡。
囊肿引发炎症对生育的影响
伴有炎症的附睾囊肿：如果附睾囊肿同时伴有附睾炎等炎症反应，炎症会影响睾丸的生精功能以及附睾内环境，导致精子质量下降，如精子活力降低、畸形率升高等，从而影响生育。炎症会释放一些有害物质，破坏精子生成和成熟所需的微环境，使得精子无法正常发育和运输，进而降低受孕的可能性。无炎症的附睾囊肿：单纯的无炎症附睾囊肿，在未影响精子运输和生精功能时，对生育影响相对较小，但也需要定期监测囊肿的变化情况。如果囊肿持续增大或出现其他异常情况，仍可能对生育产生不良影响。