附睾囊肿是否影响生育不能一概而论，一般较小的附睾囊肿通常对生育影响不大，但较大的附睾囊肿可能会有一定影响，约有10% - 15%的附睾囊肿患者可能出现生育相关问题。
附睾囊肿大小与生育的关系
较小的附睾囊肿： 如果附睾囊肿直径小于1厘米，这种情况下对睾丸的生精功能和输精管道通常影响较小，一般不太会明显影响生育。因为较小的囊肿不会压迫到生精的场所以及精子运输的通道。较大的附睾囊肿： 当附睾囊肿直径大于2厘米时，就有可能会压迫附睾管，影响精子的输送，进而影响生育。因为精子需要通过附睾管运输，如果囊肿压迫附睾管，会阻碍精子的正常排出，从而降低生育的概率。
附睾囊肿位置与生育的关系
靠近附睾头部的囊肿： 附睾头部是精子进入附睾的起始部位，如果囊肿长在附睾头部，可能会影响精子最初在附睾内的成熟过程。因为精子在附睾头部开始初步的成熟变化，如果头部有囊肿压迫，可能会干扰精子的成熟环境，进而对生育产生不利影响。靠近附睾尾部的囊肿： 附睾尾部是精子储存的主要部位之一，若囊肿长在附睾尾部，可能会影响精子的储存。精子在附睾尾部储存并进一步成熟，如果尾部有囊肿，会影响精子的储存量和储存质量，从而影响生育。
合并其他问题时对生育的影响
合并附睾炎的附睾囊肿： 如果附睾囊肿同时合并有附睾炎，炎症会影响睾丸的生精功能以及附睾内环境。附睾炎会导致局部组织充血、水肿，产生炎症因子，这些炎症因子会破坏生精上皮，影响精子的生成，同时也会影响附睾内精子的存活和运输，大大增加对生育的不良影响风险。合并精索静脉曲张的附睾囊肿： 当附睾囊肿合并精索静脉曲张时，精索静脉曲张会使阴囊内温度升高，影响睾丸的生精功能，而附睾囊肿又可能影响精子运输，两者叠加会显著降低生育能力。因为精索静脉曲张导致的高温环境本身就不利于精子生成，再加上附睾囊肿的影响，精子生成和运输都受到阻碍，生育几率会明显降低。