肛周脓肿主要是由肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿与肛腺阻塞感染有关。比如，肛腺开口于直肠肛管部位，若此处受到粪便等物质堵塞，就容易引发感染，进而蔓延形成肛周脓肿。
肛腺感染引发
肛腺堵塞： 当粪便等异物堵塞肛腺导管时，肛腺分泌的液体无法正常排出，就为细菌滋生创造了条件。细菌在肛腺内繁殖，炎症逐渐扩散，就可能形成肛周脓肿。一般来说，这种堵塞常见于腹泻、便秘等导致肛管局部环境改变的情况。感染扩散： 肛腺感染后，炎症会向周围组织蔓延。比如，感染向肛周皮下组织扩散，就会形成肛周皮下脓肿；感染向坐骨直肠窝等部位扩散，会引起相应部位的脓肿。
身体免疫力低下因素
糖尿病患者： 糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体抵抗力相对较弱，容易受到细菌感染。据统计，糖尿病患者发生肛周脓肿的几率比正常人要高不少。这类患者一旦出现肛管局部轻微损伤，就更容易引发感染并发展为肛周脓肿。长期使用免疫抑制剂人群： 像器官移植后需要长期服用免疫抑制剂的患者，他们的免疫系统受到抑制，对感染的抵御能力下降。此时，肛腺感染等情况就更易发展成肛周脓肿。
局部损伤相关
外伤因素： 肛门部位受到外伤，比如异物损伤、粗暴的肛门检查等，都可能使局部皮肤或组织受损，细菌趁机侵入。例如，被尖锐异物刺伤肛门周围，就有可能引发肛周脓肿。肛管直肠损伤： 进行肛管直肠手术、内镜检查等操作时，如果操作不当造成肛管直肠损伤，也为细菌感染打开了大门，容易导致肛周脓肿的发生。比如，肠镜检查时如果用力过猛造成肠壁小损伤，后续可能引发感染形成脓肿。