肛周脓肿主要是由肛腺感染引起的。据统计，约90%的肛周脓肿是因肛腺阻塞感染导致。
肛腺感染引发
肛腺位置： 肛腺位于直肠肛管周围，开口在肛窦处。肛窦容易存留粪便，一旦粪便堵塞肛窦，就会引起肛腺感染。比如长时间久坐、腹泻等情况，都可能导致肛窦内粪便积聚，增加肛腺感染风险。感染扩散： 肛腺感染后，炎症会向周围组织蔓延。感染沿着肛管直肠周围的间隙扩散，因为这些间隙内的疏松结缔组织丰富，容易让感染扩散开来，从而形成肛周脓肿。
肛门局部损伤所致
外伤因素： 肛门部位受到外伤，像异物损伤、肛门指检时操作不当等，都可能使细菌侵入肛门周围组织引发感染。例如，肛门部位被尖锐异物刺伤后，细菌就有了可乘之机，容易引发感染进而形成脓肿。医源性损伤： 一些医疗操作也可能导致肛周脓肿，比如肠镜检查时，如果操作不规范，损伤了肛管直肠黏膜，细菌就会从损伤处侵入，引起肛周感染形成脓肿。
全身抵抗力下降诱发
营养不良人群： 长期营养不良的人，身体抵抗力较弱，容易受到细菌侵袭。比如一些贫困地区长期饮食单一，营养摄入不足的人群，患肛周脓肿的几率相对较高。患有基础疾病者： 像糖尿病患者，由于血糖控制不佳，身体的抗感染能力下降，容易发生肛周感染。据研究，糖尿病患者发生肛周脓肿的概率比正常人要高很多。还有艾滋病患者，自身免疫系统受到严重破坏，也更容易出现肛周脓肿等感染性疾病。