肛周脓肿主要是由肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿与肛腺阻塞感染有关。肛腺开口于肛管直肠交界处的肛窦处，肛窦易受粪便损伤而引发感染，感染蔓延至肛腺后，会导致肛腺炎，炎症进一步向周围组织扩散就可能形成肛周脓肿。
肛腺感染相关因素
肛窦损伤： 粪便中的异物、粗糙粪便等容易损伤肛窦，据统计，约有85%的肛周脓肿患者存在肛窦损伤情况。比如长期便秘的人，排便时粪便过硬，就容易擦伤肛窦，为细菌入侵创造条件。肛腺阻塞： 肛腺分泌的黏液本是起到润滑肛管的作用，但如果肛窦发生炎症，导致肛腺导管水肿、阻塞，黏液排出不畅，就会使肛腺内的分泌物积聚，滋生细菌，引发感染。
身体免疫力因素
免疫力低下人群： 患有糖尿病、艾滋病等疾病的人，或者长期使用免疫抑制剂的人，身体免疫力相对较低，更容易受到细菌感染，从而增加肛周脓肿的发病风险。例如，糖尿病患者血糖控制不佳时，机体抵抗力下降，白细胞的吞噬功能减弱，细菌更容易在体内繁殖，引发肛周脓肿，这类人群患肛周脓肿的概率比正常人高2 - 3倍。婴幼儿群体： 婴幼儿的肛周组织发育尚未完善，免疫力也比较弱，肛腺相对较深，更容易发生感染。而且婴幼儿排便次数多，如果不注意肛周清洁，就容易导致细菌感染肛窦，进而引发肛周脓肿。
其他感染扩散因素
相邻组织感染蔓延： 肛管直肠周围的其他组织感染也可能蔓延至肛周引发脓肿。比如直肠炎、结肠炎等炎症，如果没有得到及时有效的治疗，炎症可能会向周围扩散，波及肛周组织，引起肛周脓肿。还有肛管周围的疖、痈等皮肤感染，细菌也可能通过皮下组织蔓延至肛周深部，导致脓肿形成。血液传播感染： 虽然相对少见，但身体其他部位的感染病灶通过血液循环也可能传播到肛周。例如，远处的肺部感染、泌尿系统感染等，细菌可随着血液循环到达肛周组织，引起感染形成脓肿。不过这种情况在肛周脓肿的发病原因中所占比例较低，一般不超过5%。