肛周脓肿主要是肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿是因肛腺阻塞感染所致。比如肛腺发生感染后，炎症会蔓延，从而形成脓肿。
肛腺感染相关因素
肛腺本身特点： 肛腺开口于肛窦，而肛窦形似口袋且容易存留粪便等异物，这就为肛腺感染创造了条件。当粪便等异物进入肛窦后，容易引发肛腺炎症。局部卫生问题： 如果个人肛门局部卫生不佳，比如不经常清洗肛门周围，就会使得粪便等污垢更容易堆积在肛窦处，增加肛腺感染的几率。
肛门周围皮肤感染引发
皮肤损伤： 肛门周围皮肤若有擦伤、裂伤等损伤，比如在排便时过于用力导致肛门皮肤轻微破损，细菌就容易从这些破损处侵入，进而引发感染形成脓肿。一般来说，哪怕是很微小的皮肤损伤，若不注意护理，都可能成为感染的突破口。皮肤病影响： 像肛周湿疹等皮肤疾病，会使肛门周围皮肤处于敏感状态，皮肤的屏障功能下降，更容易受到细菌等病原体的侵袭，从而引发感染导致肛周脓肿。
身体免疫力低下导致
营养不良人群： 长期营养不良的人，身体的免疫力会受到影响。例如一些挑食、节食过度的人，身体缺乏必要的营养物质，如蛋白质、维生素等，使得免疫系统功能减弱，对细菌等病原体的抵御能力下降，容易发生肛周脓肿。有研究表明，营养不良者发生肛周脓肿的风险比营养状况良好者高出约30%。患有基础疾病者： 比如糖尿病患者，由于血糖控制不佳，身体的抗感染能力会降低，高血糖环境有利于细菌生长繁殖，所以糖尿病患者发生肛周脓肿的几率相对较高。还有艾滋病患者，本身免疫系统遭到破坏，更容易受到各种病原体的感染，包括引发肛周脓肿。