肠功能紊乱可使用的药物需根据具体症状来选择。一般来说，调节肠道动力的药物有曲美布汀等；调节肠道菌群的药物常用双歧杆菌四联活菌片、枯草杆菌二联活菌颗粒等。例如曲美布汀能调节胃肠道运动，通常能在一定程度上改善肠功能紊乱引起的不适。
调节肠道动力的药物
曲美布汀：它可以通过作用于胃肠道平滑肌上的受体，来调节胃肠道运动，对肠功能紊乱导致的腹痛、腹胀等有一定缓解作用。但需要注意，孕妇使用前要咨询医生，儿童用药也需谨慎，需在医生指导下根据体重等情况合理应用。
调节肠道菌群的药物
双歧杆菌四联活菌片：里面含有双歧杆菌等多种有益菌，能补充肠道有益菌群，改善肠道菌群失调的情况，从而缓解肠功能紊乱相关症状。不过，该药物应冷藏保存，而且抗生素会影响其疗效，若正在使用抗生素，需间隔一定时间再服用。枯草杆菌二联活菌颗粒：含有枯草杆菌和屎肠球菌等，可调节肠道菌群平衡，促进肠道正常功能的恢复。此药适合儿童服用，用低于40℃的温水或牛奶冲服，但要注意不能和抗菌药物同时服用。
缓解腹泻症状的药物
蒙脱石散：如果肠功能紊乱伴有腹泻，蒙脱石散可以在肠道表面形成保护膜，吸附病原体和毒素，起到止泻作用。成人每次可以服用1袋（3克），每天3次，儿童用量需根据年龄调整，一般1岁以下每日1袋，分3次服；1 - 2岁每日1 - 2袋，分3次服；2岁以上每日2 - 3袋，分3次服。不过，过量服用可能会引起便秘。
缓解便秘症状的药物
乳果糖口服溶液：对于肠功能紊乱引起的便秘，乳果糖口服溶液能调节肠道渗透压，使水分保留在肠道内，增加粪便体积，促进排便。成人起始剂量每日30毫升，维持剂量每日10 - 25毫升；7 - 14岁儿童起始剂量每日15毫升，维持剂量每日10 - 25毫升；1 - 6岁儿童起始剂量每日5 - 10毫升，维持剂量每日5 - 10毫升；婴儿起始剂量每日5毫升，维持剂量每日5毫升。但糖尿病患者要慎用，因为乳果糖含有一定糖分。