肠胃功能紊乱可以使用一些调节胃肠动力、调节肠道菌群等药物来改善，比如常用的有马来酸曲美布汀片，一般可在症状出现时短期使用来调节胃肠运动。
调节胃肠动力的药物
多潘立酮： 属于外周多巴胺受体阻滞剂，能直接作用于胃肠壁，增加食管下括约肌张力，防止胃-食管反流，增强胃蠕动，促进胃排空，协调胃与十二指肠运动，从而缓解消化不良、腹胀、嗳气等症状。但需要注意，孕妇慎用，哺乳期妇女使用时应停止哺乳。莫沙必利： 是选择性5-羟色胺4（5-HT4）受体激动剂，能促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道蠕动，改善功能性消化不良、腹胀、早饱等症状。老年人使用时需注意观察，如有不适及时就医。
调节肠道菌群的药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌、蜡样芽孢杆菌等肠道有益菌，可直接补充正常生理细菌，调整肠道菌群平衡，抑制并清除肠道中对人体具有潜在危害的细菌。儿童可在医生指导下服用，服用时应注意避免与抗菌药物同时服用，如需服用，两者服药时间应间隔2-3小时。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 以活菌进入肠道后，对葡萄球菌、酵母样菌等致病菌有拮抗作用，而对双歧杆菌、乳酸杆菌、拟杆菌、消化链球菌等有益菌具有促进生长作用，从而调整肠道菌群失调，改善肠道功能。儿童用药时可将胶囊内容物用温水或牛奶冲服。
缓解腹痛等症状的药物
匹维溴铵： 是一种对胃肠道具有高度选择性解痉作用的钙拮抗药，主要用于与肠道功能紊乱有关的疼痛、排便异常和胃肠不适，以及与胆道功能紊乱有关的疼痛。孕妇禁用，开车或操作机械者如需服用，应注意可能出现的嗜睡等情况。复方消化酶胶囊： 含有胃蛋白酶、胰蛋白酶、胰淀粉酶、胰脂肪酶等，能促进食物消化，增进食欲。用于食欲缺乏、消化不良，包括腹部不适、嗳气、早饱、餐后腹胀、恶心、排气过多、脂肪便等。儿童使用时需在成人监护下进行。