治疗牙周炎的药物有多种，常见的如甲硝唑，它能抑制厌氧菌生长，对牙周炎有一定治疗作用。一般来说，牙周炎的药物治疗需结合病情综合考量。
局部用药
含漱剂： 氯己定含漱液较为常用，它能有效抑制菌斑形成，减少口腔内细菌数量，使用时按照说明书要求含漱一定时间，通常每天使用2 - 3次，每次含漱30秒左右。局部涂药： 碘甘油可用于牙周袋内涂药，能起到消炎、收敛的作用，帮助减轻牙周炎症。
全身用药
抗生素： 当牙周炎炎症较重时，可能会使用抗生素，比如阿莫西林联合甲硝唑。阿莫西林属于青霉素类抗生素，能抑制细菌细胞壁合成，甲硝唑针对厌氧菌有较好效果。但使用抗生素要注意，必须在医生指导下根据病情合理选用，不能自行滥用。非甾体抗炎药： 像布洛芬，可用于缓解牙周炎引起的疼痛和肿胀，它能通过抑制环氧化酶的活性，减少前列腺素合成，从而发挥抗炎、镇痛作用。不过，有胃肠道疾病的患者使用时需谨慎，可能会对胃肠道产生刺激。
辅助用药
维生素类： 补充维生素C等对牙周健康有帮助，维生素C能参与机体多种代谢，有助于增强牙周组织的抵抗力，一般可以通过饮食摄入富含维生素C的食物，如柑橘、草莓等，也可以在医生指导下服用维生素C制剂。中药制剂： 一些中药成分的牙周炎辅助用药也有应用，比如某些具有清热泻火、消肿止痛作用的中成药，但使用中药制剂也需要在医生的辨证指导下进行，要注意药物之间的相互作用等情况。