慢性肾盂肾炎的治疗药物选择需根据病情等因素来定，一般常用抗生素类药物。比如对于急性期的慢性肾盂肾炎急性发作，常用喹诺酮类药物，像氧氟沙星等，不过具体用药要遵医嘱。
常用抗生素药物
喹诺酮类药物： 氧氟沙星是常用的喹诺酮类抗生素，它能抑制细菌DNA旋转酶，从而阻碍细菌DNA复制，起到杀菌作用。不过18岁以下人群一般不建议使用此类药物。半合成青霉素类： 比如阿莫西林，它通过抑制细菌细胞壁的合成发挥杀菌作用，对部分肾盂肾炎致病菌有较好疗效，但对青霉素过敏者禁用。
药物使用的注意事项
用药疗程： 慢性肾盂肾炎的用药疗程相对较长，一般需要2 - 4周甚至更长时间，要根据病情恢复情况由医生调整用药。个体化差异： 不同患者对药物的反应不同，有的患者可能对某种抗生素敏感，有的则不敏感，所以需要医生根据尿培养及药敏试验结果来选择合适药物。
辅助治疗相关药物
碱化尿液药物： 当患者伴有尿液酸化时，可使用碳酸氢钠来碱化尿液，因为碱性环境不利于细菌生长，一般可以口服碳酸氢钠片，每次0.5 - 1克，每日3次，但有胃溃疡等疾病的患者要慎用。对症治疗药物： 如果患者有发热、疼痛等症状，可使用解热镇痛药，如对乙酰氨基酚来缓解症状，对乙酰氨基酚一般成人每次0.3 - 0.6克，每日3 - 4次，但严重肝肾功能不全者禁用。