肛门里疼痛可能由多种原因引起。比如肛裂，通常是由于大便干结等原因导致肛管皮肤裂开，会在排便时和排便后出现肛门疼痛，疼痛时间可能持续数分钟到数小时不等。
肛裂导致的肛门疼痛
肛裂成因： 主要是长期便秘，粪便干结，排便时用力过猛，撑裂肛管皮肤。疼痛特点： 排便时疼痛明显，便后有短暂缓解，随后因肛门括约肌痉挛又出现长时间疼痛，有时还会伴有便血，血色鲜红，量一般较少。
痔疮引发的肛门疼痛
内痔嵌顿： 当内痔脱出肛门外不能回纳时，会引起剧烈疼痛，这是因为嵌顿的痔核血液循环受阻，出现水肿、淤血等情况。外痔炎症： 外痔如果发生炎症，会出现肛门坠胀、疼痛，尤其在行走、久坐、排便时疼痛加重，局部还可能摸到肿物。
肛周脓肿造成的肛门疼痛
感染因素： 多由肛腺感染引起，细菌侵入肛腺后蔓延至肛周间隙形成脓肿。疼痛表现： 肛门周围持续性疼痛，逐渐加重，病变处有明显红肿、发热，按压疼痛加剧，严重时可伴有全身发热、乏力等症状，脓肿成熟时波动感明显。
肠道炎症导致的肛门疼痛
溃疡性结肠炎： 病因尚不明确，可能与免疫、遗传等因素有关，除了有腹泻、黏液脓血便等症状外，炎症刺激肛门周围也会引起疼痛，疼痛程度不一，可为隐痛、胀痛等。克罗恩病： 是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，病变可累及肠道各部位，累及肛门时会出现肛门疼痛、溃疡、瘘管等表现，病情容易反复发作。