脊髓空洞症的治疗需根据具体情况选择，目前并没有绝对意义上“最好”的单一治疗方法，通常是综合多种方式。一般来说，手术治疗是重要手段之一，比如后颅窝减压术，约60% - 70%的患者通过手术能改善症状，但具体效果因个体差异而异。
手术治疗方面
减压手术： 像枕骨大孔减压术，适用于因颅颈交界区畸形等导致脊髓空洞的患者，通过解除对脊髓的压迫，为脊髓创造良好的环境，约有一定比例的患者术后空洞会缩小，症状得到缓解。分流手术： 脑室 - 腹腔分流术可将脊髓空洞内的液体引流到腹腔，约能使约50% - 60%的患者症状有不同程度改善，但存在分流管堵塞等并发症风险。
药物辅助治疗
神经营养药物： 甲钴胺等药物可起到一定营养神经的作用，有助于神经功能的维护，但单独使用难以从根本上解决脊髓空洞问题，一般作为辅助治疗手段。改善循环药物： 如地巴唑等，能在一定程度上改善脊髓的血液循环，可能对病情有一定帮助，但效果相对有限。
康复治疗方面
物理治疗： 包括按摩、针灸等，按摩可促进局部血液循环，每天坚持适度按摩可能对缓解肌肉萎缩等有一定帮助；针灸通过刺激穴位，约有部分患者在配合治疗后肢体功能等有所改善，但需长期坚持。康复训练： 进行肢体的运动功能训练，如关节活动度训练等，每天训练30分钟 - 60分钟，有助于维持和改善肢体的运动功能，防止肌肉进一步萎缩。总体而言，脊髓空洞症的治疗是个体化的综合治疗，需要医生根据患者的具体病情，如空洞的大小、部位、病因以及患者的身体状况等多方面因素来制定合适的治疗方案，单一方法很难涵盖所有情况，往往需要手术、药物、康复等多管齐下。