小孩子长不高的原因有多种。一般来说，遗传因素是重要方面，如果父母身高较矮，孩子遗传矮身材的概率会增加，大约有70% - 80%的身高变异由遗传决定。
营养因素：
营养摄入不足： 孩子如果饮食中蛋白质、钙、磷等营养素缺乏，会影响骨骼生长。比如，长期蛋白质摄入不够，身体缺乏构建骨骼和肌肉的原料；钙是骨骼的重要组成成分，儿童每日钙的适宜摄入量为800 - 1000毫克，若摄入不足，就会阻碍骨骼生长。营养过剩： 过度肥胖的孩子也可能出现长不高的情况。因为肥胖可能会导致内分泌紊乱，影响生长激素的分泌和作用，从而阻碍身高增长。
疾病因素：
内分泌疾病： 生长激素缺乏症是常见的导致儿童长不高的内分泌疾病。生长激素由垂体分泌，能促进骨骼、内脏和全身生长，影响蛋白质合成等。如果孩子垂体分泌生长激素不足，就会使生长缓慢。甲状腺功能减退症也会影响身高，甲状腺激素能促进机体生长发育，尤其是对骨骼和神经系统的发育至关重要，甲状腺功能减退时，孩子生长会迟缓，智力也可能受影响。慢性疾病： 像先天性心脏病、慢性肾病等慢性疾病也会影响孩子的生长。例如慢性肾病会导致孩子体内代谢紊乱，影响营养物质的吸收和利用，同时还会使内分泌失调，进而阻碍身高增长。
睡眠因素：
睡眠不足： 孩子在睡眠时会分泌大量生长激素，促进身体生长。儿童每天需要保证足够的睡眠时间，一般学龄前儿童需要12 - 14小时，小学生需要10 - 12小时，中学生需要9 - 10小时。长期睡眠不足会影响生长激素的分泌，从而影响身高增长。