如果在熟睡中头疼疼醒且很厉害，可能是以下原因导致，可采取以下相应措施：
1.睡眠呼吸暂停综合征：由于睡眠中气道塌陷，导致呼吸不畅，从而引起缺氧和二氧化碳潴留，导致脑血管扩张，刺激疼痛敏感结构，引发头痛。可使用正压通气呼吸机、口腔矫治器等治疗。
2.丛集性头痛：是一种多见于中年男性的、剧烈的、针刺样头痛，还可能伴有同侧眼结膜充血、流泪、鼻塞、流涕等症状。可在医生的指导下使用麦角胺、舒马普坦等药物进行治疗。
3.高血压：如果血压控制不佳，血压波动明显，可能会导致头痛。可使用硝苯地平、氨氯地平、缬沙坦、氯沙坦等药物进行治疗。
4.颅内感染：如脑炎、脑膜炎等，可引起头痛，还可能伴有发热、恶心、呕吐等症状。可使用阿昔洛韦、更昔洛韦、头孢曲松、头孢噻肟等药物进行治疗。
5.颅内肿瘤：如果患有颅内肿瘤，当肿瘤体积逐渐增大，可能会压迫周围脑组织，引起头痛。可通过手术、放疗、化疗等方式进行治疗。
6.其他：如三叉神经痛、偏头痛、紧张性头痛等，也可能导致熟睡中头疼疼醒且很厉害。
如果头疼持续不缓解或伴有其他症状，建议及时就医，明确病因，并在医生的指导下进行治疗。同时，在日常生活中，要注意保持良好的睡眠习惯，避免熬夜、过度劳累，保持心情舒畅，避免紧张、焦虑等情绪。