牙龈囊肿的治疗方式需根据具体情况而定，一般较小的牙龈囊肿可先观察，较大的通常需要手术切除。手术切除是比较常见的治疗方法，通常在局部麻醉下进行，术后恢复一般较快。
手术治疗情况
小型牙龈囊肿：如果牙龈囊肿较小，没有引起明显不适，医生可能会先观察，定期复查。但如果囊肿有增大趋势或影响到口腔功能等，就需要考虑手术。较大牙龈囊肿：对于较大的牙龈囊肿，手术切除是主要的治疗手段。手术时会完整切除囊肿组织，以防止复发。一般手术过程相对简单，在门诊即可进行。
术后注意事项
口腔清洁：术后要保持口腔清洁，每天早晚认真刷牙，饭后可以用生理盐水或漱口水漱口，一般建议每次漱口时间持续30秒左右，保持口腔卫生，减少细菌感染的风险。饮食注意：术后短期内饮食要清淡，避免吃辛辣、刺激性食物以及过硬的食物，比如辣椒、坚果等，以免刺激伤口，影响愈合。可以多吃一些软烂、富含维生素的食物，像软面条、苹果泥等。
与其他疾病的鉴别
与牙龈瘤鉴别：牙龈瘤外观上有时与牙龈囊肿相似，但牙龈瘤一般有蒂或无蒂，颜色可呈红色或粉红色，质地较韧。而牙龈囊肿通常是圆形或椭圆形的囊性肿物。通过病理检查可以明确鉴别，病理检查能准确判断是囊肿还是肿瘤等其他病变。与根尖囊肿鉴别：根尖囊肿多与牙齿的根尖病变有关，常伴有牙齿的变色、牙髓无活力等表现。而牙龈囊肿一般与牙齿根尖病变关系不大，通过X线检查等可以辅助鉴别，X线能显示出病变的位置和形态等特征。