治疗脑梗塞并没有绝对最好的药，一般可根据发病时间等选择不同药物。在发病4.5~6小时内符合溶栓指征的患者，可使用阿替普酶等溶栓药物，能尽快打通堵塞血管。
溶栓药物的应用
阿替普酶：是常用的溶栓药，能激活体内纤溶酶原变为纤溶酶，溶解血栓，不过使用有严格时间限制，需在发病4.5小时内静脉给药。尿激酶：也是一种溶栓药，可直接作用于内源性纤维蛋白溶解系统，促使纤溶酶原转变为纤溶酶，起到溶栓作用，但同样要把握好用药时机。
抗血小板聚集药物
阿司匹林：是常用抗血小板聚集药，能抑制血小板的环氧化酶途径，减少血栓素A2生成，从而抑制血小板聚集，一般建议脑梗塞患者长期小剂量服用，但有消化道溃疡等病史的人要谨慎使用。氯吡格雷：也是抗血小板聚集药物，作用机制与阿司匹林类似，对于不能耐受阿司匹林的患者可选用，不过价格相对阿司匹林可能高一些。
神经保护类药物
依达拉奉：具有清除自由基、减轻神经细胞损伤的作用，可用于脑梗塞的神经保护治疗，能改善患者的神经功能缺损症状。胞磷胆碱钠：可以改善脑循环，促进大脑代谢，对脑梗塞后的神经功能恢复有一定帮助，适用于多种类型脑梗塞患者的辅助治疗。
控制基础疾病的药物
降压药：如果脑梗塞患者伴有高血压，需要根据情况使用降压药，将血压控制在合理范围，比如常用的有氨氯地平、贝那普利等，但要注意降压不能过快过低。降糖药：若患者有糖尿病，需使用降糖药控制血糖，像二甲双胍、胰岛素等，要根据血糖情况调整药物剂量，使血糖稳定在合适水平，因为高血糖不利于脑梗塞的恢复。