口腔溃疡的主要成因较为多样，其中约20% - 30%的口腔溃疡与遗传因素有关，若家族中有多人反复出现口腔溃疡，那么个体患病风险会相对较高。
一、免疫系统异常
自身免疫反应： 当人体免疫系统出现紊乱时，免疫系统可能会错误地攻击口腔黏膜组织，从而引发口腔溃疡。例如，在一些自身免疫性疾病患者中，口腔溃疡的发生率会明显高于正常人。免疫功能低下： 当人体整体免疫功能低下时，如长期疲劳、睡眠不足、患有慢性疾病等情况，口腔抵御病原体的能力下降，就容易受到病菌侵袭而引发口腔溃疡。比如，长期熬夜的人相对更容易出现口腔溃疡问题。
二、营养缺乏
维生素缺乏： 缺乏维生素B族（如B1、B2、B6、B12等）以及维生素C等，会影响口腔黏膜的正常代谢，导致黏膜抵抗力下降，容易发生溃疡。比如，长期偏食、挑食的人，很可能会因为维生素摄入不足而引发口腔溃疡。微量元素缺乏： 像锌、铁等微量元素缺乏也与口腔溃疡有关。锌参与人体多种酶的合成和代谢，缺铁会影响血红蛋白的合成及氧的运输等，这些都会影响口腔黏膜的健康，进而诱发口腔溃疡。例如，素食者如果不注意合理补充锌、铁等元素，就较易出现口腔溃疡。
三、局部创伤
机械性损伤： 口腔内的残根、残冠、锐利的牙尖等会不断摩擦口腔黏膜，长期刺激就可能导致口腔溃疡。比如，有不良修复体的人，修复体边缘不贴合，经常摩擦口腔组织，容易引发口腔溃疡。咬伤： 不小心咬伤口腔黏膜，如牙齿咬伤颊黏膜、舌头等部位，如果伤口没有及时愈合，就可能发展成口腔溃疡。尤其是儿童在玩耍时，更容易出现被牙齿咬伤口腔黏膜而引发溃疡的情况。