刚来完月经第二天进行性生活，一般不会怀孕，但也不是绝对的。
月经周期规律的女性，排卵一般发生在下次月经来潮前的14天左右，排卵前后4-5天为易受孕期，此期间加上排卵日即为排卵期。其余时间可视作安全期，但安全期避孕法并不十分可靠，因为女性排卵的时间，受外界环境、气候、本人的情绪，以及健康状态等因素影响，从而出现排卵推迟或提前，并且还有可能发生额外排卵。因此，安全期避孕法并不十分可靠，失败率达20%。
除了怀孕，刚来完月经第二天进行性生活，还可能出现以下问题：
1.感染：月经刚结束时，子宫内膜尚未完全修复，此时性生活可能会将细菌带入阴道，引起感染，导致盆腔炎、子宫内膜炎等疾病。
2.子宫内膜异位症：如果性生活时，女方兴奋，导致子宫收缩，可能会将子宫内膜碎片挤入盆腔，引起子宫内膜异位症，导致痛经、性交痛等症状。
3.免疫性不孕：如果性生活时，双方没有注意卫生，可能会导致免疫性不孕，使女方对男方的精子产生抗体，影响受孕。
因此，不建议在月经刚结束时进行性生活，尤其是月经周期不规律、患有妇科炎症的女性。如果没有怀孕计划，建议在性生活时采取有效的避孕措施，如使用避孕套、口服避孕药等。同时，要注意性生活卫生，避免感染。如果出现白带异常、腹痛、阴道出血等症状，应及时就医，以免延误病情。