小孩不由自主摇头可能是以下原因导致的：
1.神经系统发育不完善：小孩的神经系统尚未完全发育成熟，可能会出现一些不自主的运动，包括摇头。这种情况通常会随着年龄的增长逐渐改善。
2.抽动障碍：抽动障碍是一种常见的儿童神经精神疾病，表现为不自主的、快速的、刻板的肌肉抽动，包括摇头、眨眼、耸肩等。抽动障碍可能与遗传、环境因素等有关。
3.多动症：多动症是一种常见的儿童行为障碍，表现为注意力不集中、多动、冲动等。多动症患儿可能会出现一些不自主的运动，包括摇头。
4.其他原因：小孩不由自主摇头还可能与内耳疾病、眼部疾病、精神因素等有关。
如果小孩出现不由自主摇头的情况，建议及时就医，进行相关的检查和评估，以确定原因并采取相应的治疗措施。同时，家长也应该注意观察小孩的情况，避免过度紧张和焦虑，给予小孩足够的关爱和支持。