小朋友不由自主的摇头可能是多动症、抽动症、癫痫、肌张力障碍、药物副作用等原因所致，具体分析如下：
1.多动症：这是一种常见的儿童神经发育障碍，可能与遗传、环境等因素有关。患儿可能会出现注意力不集中、多动、冲动、学习困难等症状，也可能伴有摇头、眨眼、耸肩等不自主动作。
2.抽动症：抽动症是一种起病于儿童和青少年时期的神经精神疾病，可能与遗传、神经生理、心理等因素有关。患儿可能会出现不自主的、快速的、重复的肌肉抽动，也可能伴有发声抽动或秽语。
3.癫痫：癫痫是一种由于大脑神经元异常放电而导致的慢性疾病，可能与遗传、脑部损伤、代谢障碍等因素有关。患儿可能会出现反复发作的抽搐、意识丧失、感觉异常等症状，也可能伴有不自主的摇头、眨眼、咬牙等动作。
4.肌张力障碍：肌张力障碍是一种由于肌肉或肌群收缩异常而导致的运动障碍疾病，可能与遗传、神经病变、药物等因素有关。患儿可能会出现异常的姿势或动作，也可能伴有不自主的摇头、扭转身体等现象。
5.药物副作用：某些药物可能会导致神经系统的副作用，从而引起不自主的摇头。例如，某些抗精神病药物、抗抑郁药物等可能会引起锥体外系反应，导致肌张力障碍或抽搐。
总之，小朋友不由自主的摇头可能是多种原因所致，如果家长发现孩子有这种情况，应及时带孩子到医院就诊，进行相关的检查和评估，以明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，家长应注意观察孩子的症状变化，避免孩子过度紧张、疲劳、兴奋等，以免加重症状。