月经干净第3天同房，存在不会怀孕和会怀孕两种情况，不能明确确定是否会怀孕。
一、不会怀孕的情况。通常在月经周期中的排卵期怀孕概率才较高，而排卵期一般是在月经周期，也就是月经干净后一周及以后。因为精子排出后在女性体内可存活2至3天，在月经干净第3天同房，等到排卵期时，精子通常已失去活性，所以一般不会怀孕。
二、会怀孕的情况。如果月经周期不规律或者周期较短，那么可能会出现排卵期提前的状况，这样在月经干净第3天同房时，就有少部分可能会怀孕。
总之，月经干净第3天同房后是否会怀孕不能一概而论，要根据具体的月经周期情况等来综合判断。