月经干净后第三天同房是否会怀孕，取决于多种因素，以下是一些可能的情况：
1.安全期避孕法并不一定可靠：女性的排卵时间可能因个体差异和生活方式而有所变化，安全期避孕法并不能保证100%的避孕效果。
2.怀孕的可能性较低：在月经干净后的第三天，女性的卵子尚未发育成熟，受孕的机会相对较小。
3.个体差异：每个人的生理周期和排卵情况都有所不同，即使在安全期，也不能完全排除怀孕的可能。
需要注意的是，以上只是一般情况的分析。以下是一些关于怀孕和月经的相关信息：
1.排卵时间：排卵通常发生在下次月经来潮前的14天左右，但也可能受到情绪、压力、健康状况等因素的影响而提前或推迟。
2.精子在体内的存活时间：精子在女性体内可以存活数天，因此在排卵前后的几天内都有受孕的风险。
3.其他因素：其他因素如性生活的频率、精液质量等也会影响受孕的机会。
如果您担心怀孕的风险，以下是一些建议：
1.考虑使用可靠的避孕方法：除了安全期避孕法，还有其他避孕方法可供选择，如避孕套、口服避孕药、宫内节育器等。咨询医生或计划生育专家，选择适合您的避孕方法。
2.注意月经周期：了解自己的月经周期规律，以便更好地预测排卵时间和安全期。
3.紧急避孕药：如果发生了无保护的性行为，可以考虑在规定时间内服用紧急避孕药，但紧急避孕药不应作为常规避孕方法使用。
最重要的是，与医生或专业的医疗保健提供者进行咨询，他们可以根据您的具体情况提供个性化的建议和指导。此外，如果您对月经周期或怀孕有任何疑虑或担忧，及时就医进行检查和咨询也是明智的选择。保护自己的身体健康和生育能力是至关重要的。