总胆固醇低可能由多种原因引起，比如某些疾病因素，像甲状腺功能亢进症，患者体内甲状腺激素分泌过多，会加快体内物质代谢，包括胆固醇的代谢，可能导致总胆固醇降低；还有肝病，例如重症肝炎、肝硬化等，肝脏合成胆固醇的能力下降，从而使总胆固醇水平偏低。另外，饮食因素也可能导致总胆固醇低，如果长期摄入低脂肪、低胆固醇的食物，而且摄入量不足，就会使体内胆固醇合成原料缺乏，进而造成总胆固醇降低。
疾病相关因素
甲状腺功能亢进症：甲状腺功能亢进时，甲状腺激素分泌增多，会加速机体新陈代谢，包括对胆固醇的代谢，使得胆固醇分解加快，一般有怕热、多汗、心慌、手抖等症状伴随总胆固醇低。肝病影响：重症肝炎患者肝脏受损严重，合成胆固醇的功能受到极大影响，导致胆固醇生成减少；肝硬化患者肝脏结构和功能发生改变，也会使胆固醇合成能力下降，这类患者往往有乏力、食欲减退、黄疸等表现。
饮食方面因素
低胆固醇摄入：如果日常饮食中总是摄入很少含胆固醇的食物，比如长期只吃素食，且素食中富含胆固醇的食物极少，像动物脑、蛋黄等基本不摄取，就会造成体内胆固醇来源不足。一般建议每天从食物中摄取一定量的胆固醇来维持正常水平，长期低摄入就易致总胆固醇低。摄入不足情况：有些人虽然吃了含胆固醇的食物，但摄入量远远不够身体正常代谢所需，比如每天摄入的胆固醇量低于300毫克，而正常人体每天需要一定量来维持各项生理功能，长期这样就会出现总胆固醇低。
其他可能因素
运动量过大：长期进行高强度、大运动量的运动，身体消耗能量过多，会促进体内脂肪包括胆固醇的分解，若没有及时补充足够的胆固醇，就可能导致总胆固醇降低。一般建议运动要适度，根据自身情况合理安排运动量。年龄因素：老年人相对年轻人更容易出现总胆固醇低的情况，因为随着年龄增长，身体各项机能衰退，包括肝脏合成胆固醇的能力下降，而且老年人饮食往往相对单一，摄入胆固醇不足等多种因素叠加，使得总胆固醇水平偏低。