孕40天药流不一定都要清宫，一般药流完全流产率约为90%左右。但具体是否需要清宫需根据情况判断。
药流后的超声评估情况
孕囊未完全排出： 如果超声检查发现宫腔内有较大的残留组织，直径超过1 - 2厘米左右，通常需要考虑清宫。因为较大的残留组织很难通过药物自行排出，长时间残留可能会引起阴道大量出血、宫腔感染等问题。阴道出血情况： 药流后阴道出血时间较长，超过2周仍有较多阴道流血，经药物治疗无效时，也需要进行清宫操作。长时间出血会增加感染的风险，影响身体恢复。
个人身体恢复差异
子宫收缩欠佳者： 部分女性子宫收缩能力较差，即使孕囊已经排出，但宫腔内少量蜕膜等组织残留，依靠自身子宫收缩难以将其排出，这种情况下可能需要清宫。子宫收缩欠佳的女性在药流后可以在医生指导下使用促进子宫收缩的药物，如缩宫素等，但如果用药后仍无法排出残留，就可能需要清宫。有基础疾病者： 本身患有某些基础疾病的女性，如患有凝血功能障碍等，药流后残留时进行清宫手术风险较高，需要谨慎评估。如果残留组织较小且患者基础疾病控制良好，可先尝试药物促进排出；但如果残留情况不利于身体恢复，可能还是需要在积极治疗基础疾病的同时考虑清宫。
药流后的处理时机
发现残留及时处理： 一旦通过超声等检查发现药流后有残留情况，应及时与医生沟通，根据具体残留情况决定是先尝试药物治疗还是直接清宫。一般在药流后1 - 2周内发现残留，若符合清宫指征，应尽早进行清宫，以减少对身体的不良影响。观察等待的局限性： 不是所有残留都能等待自行排出，对于一些有潜在不良后果风险的残留，不能一味观察等待。比如残留组织有引起感染加重趋势时，就不能再继续观察，需要及时处理。