心脏神经官能症的发病原因较为复杂，目前认为可能与多种因素有关。一般来说，心理社会因素是引发心脏神经官能症的重要原因之一，有研究显示，约有30% - 50%的心脏神经官能症患者存在明显的心理应激因素。
心理社会因素方面
长期精神压力过大： 当人长期处于高强度的工作压力、学习压力或生活压力下时，比如一些工作需要长时间面对高强度的任务，或者生活中遭遇重大变故等情况，身体会持续处于应激状态，容易引发心脏神经官能症。长期的精神紧张会影响神经内分泌系统的平衡，进而干扰心脏的正常功能调节。性格特点影响： 具有焦虑、抑郁、内向、敏感等性格特点的人群更容易患上心脏神经官能症。例如，性格内向的人遇到事情往往不善于向他人倾诉，情绪容易长期压抑，这种情绪状态可能会影响自主神经功能，导致心脏出现一系列类似心脏病的症状，但实际上心脏本身并无器质性病变。
神经生物学因素方面
自主神经功能失调： 自主神经包括交感神经和副交感神经，正常情况下两者相互平衡协调，共同调节心脏等脏器的功能。而在心脏神经官能症患者中，常常存在自主神经功能失调的情况。比如交感神经兴奋性增高时，会使心率加快、血管收缩等；副交感神经功能相对减弱，就可能导致心脏的神经调节紊乱，出现心悸、胸痛等症状。神经递质失衡： 体内的一些神经递质如5 - 羟色胺、去甲肾上腺素等的失衡也与心脏神经官能症的发病有关。当这些神经递质的水平出现异常时，会影响神经系统对心脏的调控，进而引发心脏神经官能症相关的症状表现。
其他可能因素方面
内分泌紊乱： 女性在青春期、更年期等特殊生理时期，内分泌系统会发生较大变化。例如更年期女性体内雌激素水平下降，可能会影响自主神经功能，从而增加心脏神经官能症的发病风险。有研究发现，更年期女性患心脏神经官能症的概率相对较高。遗传易感性： 虽然目前尚未明确具体的遗传基因，但有一定的遗传易感性倾向。如果家族中有亲属患有心脏神经官能症，那么个体患病的风险可能会相对增加。不过遗传因素并不是唯一的决定因素，还需要结合其他环境等因素共同起作用。