肥厚性心肌病主要是心肌部位的肥厚，具体来说常见的是心室肌肥厚。其中以左心室肥厚最为多见，大约有90%的肥厚性心肌病患者存在左心室肥厚的情况，尤其是室间隔部位的肥厚较为常见。
肥厚部位的具体情况之左心室肥厚为主
左心室是心脏向全身泵血的重要腔室，当发生肥厚性心肌病时，左心室的心肌细胞异常增生、肥大，导致左心室壁增厚。这种肥厚可能会影响到左心室的舒张和收缩功能，进而影响心脏的整体泵血效率。比如，左心室肥厚可能会使心室的顺应性降低，影响血液在心室的充盈，导致患者在运动或静息时出现呼吸困难等症状。
肥厚部位之室间隔肥厚突出
在左心室肥厚中，室间隔肥厚是很典型的情况。室间隔是分隔左心室和右心室的结构，当室间隔发生肥厚时，会使得心室腔的形态发生改变。室间隔向心室腔内凸出，可能会进一步压迫左心室流出道，导致左心室流出道梗阻。这种梗阻情况在一些患者活动时会更加明显，可能会引发头晕、黑矇甚至晕厥等表现。例如，当患者进行剧烈运动时，心脏需要更多的血液供应，而室间隔肥厚造成的流出道梗阻会影响血液的快速射出，从而出现上述不适症状。
其他可能的肥厚部位情况
除了左心室和室间隔肥厚外，少数情况下也可能出现右心室肥厚，但相对较为少见。右心室肥厚的发生机制与左心室类似，也是心肌细胞异常增生导致右心室壁增厚。右心室肥厚同样会影响右心室的正常功能，比如会影响肺部血液回流到右心以及右心向肺动脉泵血的功能，可能会导致患者出现乏力、下肢水肿等右心功能不全的表现。不过，右心室肥厚在肥厚性心肌病中所占比例非常低，主要还是以左心室尤其是室间隔肥厚为主要的肥厚部位表现。