月经结束第三天同房一般不会怀孕，但也不是绝对的。
排卵一般发生在下次月经来潮前14天左右，排卵前后4-5天为易孕期，其他时间则视为安全期。但安全期避孕法并不十分可靠，因为排卵时间可能会受到情绪、环境等因素的影响而发生改变。此外，精子在女性体内可存活3-5天，因此月经结束后的第三天同房仍有怀孕的可能，只是几率相对较小。
对于月经周期不规律的女性，排卵时间难以预测，因此安全期避孕法并不适合这类人群。对于没有备孕计划的夫妻，建议在同房时采取可靠的避孕措施，如使用避孕套、口服避孕药等，以避免意外怀孕。
需要注意的是，每个人的身体状况都不同，上述内容仅供参考。如果对自己的生育能力或避孕方法有任何疑问，建议咨询医生或专业的医疗机构。同时，在进行任何性行为时，都应该尊重自己和他人的意愿，确保双方都愿意并能够承担相应的后果。