月经结束第三天同房是否会怀孕，主要取决于女性的月经周期是否规律，以及是否有额外的排卵情况。
一般来说，月经周期规律的女性，排卵日通常在下次月经来潮前的14天左右。排卵日的前5天和后4天，连同排卵日在内共10天称为排卵期。在排卵期内同房，受孕的几率较高。而在月经结束后的第三天，通常还处于安全期，怀孕的几率相对较低。
然而，需要注意的是，女性的排卵时间可能会受到情绪、环境、健康状况等因素的影响而发生改变，出现额外排卵的情况。此外，精子在女性体内可能会存活数天，等待卵子的排出。因此，即使在安全期，也不能完全排除怀孕的可能。
对于月经周期不规律的女性，或者存在其他影响排卵的因素（如多囊卵巢综合征、卵巢功能早衰等）的女性，安全期避孕的方法并不十分可靠。这些女性更适合使用其他可靠的避孕方法，如避孕套、口服避孕药、宫内节育器等。
如果女性担心怀孕，或者对安全期的计算不确定，建议咨询医生或计划生育专业人士，了解更多适合自己的避孕方法和注意事项。此外，无论采用何种避孕方法，都应该正确使用，并注意其有效性和安全性。
总之，月经结束第三天同房怀孕的几率较低，但不能完全排除怀孕的可能。女性应该根据自己的情况选择合适的避孕方法，并注意避孕的有效性和安全性。如果对避孕或怀孕问题有任何疑虑，应及时咨询专业医生。