头疼时，选择CT还是核磁共振（MRI）检查，主要取决于以下几个因素：
1.病因考虑：
脑出血、脑外伤：如果怀疑有颅内出血或头部受伤，CT是首选检查，因为它可以快速检测是否有颅骨骨折、颅内血肿等情况。
肿瘤、血管畸形：对于怀疑有颅内肿瘤、脑血管畸形或其他结构性问题的头疼，MRI可能更有帮助，它可以提供更详细的脑部结构信息。
炎症、感染：脑炎、脑膜炎等炎症性疾病或脑部感染，MRI有助于发现病变。
脱髓鞘病变：如多发性硬化，MRI对诊断有重要意义。
其他情况：如蛛网膜下腔出血、脑积水等，也可能需要MRI进一步评估。
2.病史和症状：
年龄：儿童或老年人头疼，可能需要根据具体情况选择检查。
头痛特点：某些类型的头痛，如搏动性头痛、剧烈头痛或伴有其他神经系统症状，可能提示特定的病因，影响检查选择。
既往病史：有脑部疾病、肿瘤、脑血管疾病史或其他健康问题的患者，可能需要特定的检查。
3.检查禁忌：
幽闭恐惧症：对MRI检查室的狭小空间可能感到恐惧的患者，CT可能更适合。
体内金属植入物：如心脏起搏器、金属节育环等，可能限制MRI检查。
其他情况：如严重的心肺疾病、怀孕等，也可能影响检查方式的选择。
需要注意的是，有时可能需要同时进行CT和MRI检查，或结合其他检查方法，如脑电图（EEG）、脑血管造影等，以全面评估头疼的原因。医生会根据具体情况进行综合判断，并制定最适合的诊断方案。
在某些情况下，头疼的原因可能难以确定，或者检查结果不明确，可能需要进一步的评估和随访。如果头疼严重或持续不缓解，应及时就医，以便获得准确的诊断和治疗建议。此外，保持健康的生活方式，如充足的睡眠、减少压力、合理饮食等，也有助于缓解头疼。