头疼做CT还是核磁共振，主要取决于头疼的原因。一般来说，如果怀疑有脑出血、脑肿瘤、颅骨骨折等情况，CT检查更为合适；如果怀疑有脑梗死、脱髓鞘病变、脑积水等情况，核磁共振检查更为合适。当然，有些情况下，两种检查都需要做，或者需要结合其他检查来明确诊断。
一、以下是一些需要考虑的因素：
1.发病急缓：如果头疼突然发生，伴有恶心、呕吐、意识不清等症状，可能是脑出血，需要尽快做CT检查。如果头疼逐渐加重，病程较长，可能是脑肿瘤，需要做核磁共振检查。
2.既往病史：如果有高血压、糖尿病、高血脂等病史，或者曾经有过脑血管疾病、头部外伤等，需要重点排查脑血管病变，核磁共振检查可能更有帮助。
3.症状特点：如果头疼是搏动性的，像血管跳动一样，可能是血管性头疼，核磁共振检查可以发现血管畸形等潜在问题。如果头疼是电击样、刀割样、针刺样的，可能是神经性头疼，CT检查一般无异常，需要进一步做脑电图、磁共振波谱分析等检查。
4.其他检查结果：如果医生怀疑有其他疾病，比如脑炎、脑膜炎、颈椎病等，可能会根据具体情况选择相应的检查方法。
二、需要注意的是：
1.CT和核磁共振检查都有一定的局限性，不能发现所有的头疼原因。如果检查结果正常，但头疼仍持续不缓解，或者出现新的症状，需要进一步就医，进行其他检查或治疗。
2.在做检查前，需要告知医生自己的病史、过敏史、正在服用的药物等信息，以便医生选择合适的检查方法，并做好相应的准备工作。
3.检查时需要保持安静，配合医生的指导，按照要求摆放体位。
4.检查后，需要按照医生的要求取报告，并根据报告结果进行进一步的诊断和治疗。
总之，头疼的原因很多，需要根据具体情况选择合适的检查方法。如果头疼严重或持续不缓解，应及时就医，以便明确诊断，采取有效的治疗措施。