头疼做CT还是做核磁共振，需要根据具体情况来分析，以下是一些建议：
1.病史和症状：医生会先了解头疼的特点、发作频率、加重或缓解因素等。如果头疼突然发生、伴有剧烈呕吐、意识不清或神经系统症状，如肢体无力、麻木、言语不清等，可能需要进行CT检查以排除脑部结构性问题。而对于慢性头疼、无神经系统症状的患者，核磁共振可能更适合。
2.潜在疾病：某些疾病更容易导致特定类型的头疼。例如，蛛网膜下腔出血、脑部肿瘤等常需要CT检查；而对于多发性硬化、脑炎等疾病，核磁共振可能更有帮助。
3.检查目的：如果只是为了排除脑部结构性病变，CT可能是首选。但如果需要更详细地了解脑部结构、功能或软组织情况，核磁共振可能更合适。
4.特殊情况：对于孕妇、幽闭恐惧症患者或体内有金属植入物的患者，CT可能不是最佳选择，此时核磁共振可能更安全。
5.医生建议：最终的检查选择应根据医生的经验和判断。医生会综合考虑患者的病史、症状、潜在疾病以及其他因素，给出最合适的检查建议。
需要注意的是，CT和核磁共振都有其局限性，有时可能需要进一步检查或结合其他检查方法来明确头疼的原因。在医生的指导下进行检查是最重要的。此外，如果头疼严重或持续不缓解，应及时就医，以便获得准确的诊断和治疗。