经常长溃疡的原因有多种。一般来说，约30%-50%的复发性口腔溃疡与遗传因素有关，如果家族中有多人经常长溃疡，那么个体患病几率会增加。
一、自身免疫因素
免疫系统异常： 当人体免疫系统出现紊乱时，会错误地攻击自身组织，口腔黏膜就可能成为攻击目标，从而频繁长溃疡。比如患有自身免疫性疾病如白塞病时，口腔溃疡往往是常见症状之一，且容易反复发作。免疫力低下： 当人体整体免疫力低下时，比如长期疲劳、睡眠不足、过度节食等情况，身体抵御病原体和修复损伤的能力下降，口腔黏膜就更容易受到细菌、病毒等的侵袭，引发溃疡。例如，连续熬夜1周后，很多人可能会发现口腔出现溃疡。
二、营养缺乏
维生素缺乏： 缺乏维生素B族，尤其是维生素B2、B6、B12等，会影响口腔黏膜的正常代谢，导致黏膜抵抗力下降，容易长溃疡。有研究表明，长期吃素且不额外补充维生素的人，患口腔溃疡的概率比正常饮食人群高约20%。微量元素缺乏： 像锌、铁等微量元素缺乏也与口腔溃疡频繁发生相关。锌参与人体多种酶的合成和代谢，缺乏锌会影响细胞的正常分裂和修复；铁是血红蛋白的组成成分，缺铁会影响氧气运输，进而影响口腔黏膜的修复。比如孕妇如果缺铁，就更容易频繁出现口腔溃疡。
三、口腔局部刺激
创伤性因素： 牙齿残根、残冠、锐利的牙尖等长期摩擦口腔黏膜，会导致黏膜破损，形成溃疡，而且这种溃疡往往会反复在同一部位出现。例如，有龋齿未及时治疗，边缘变得尖锐，持续刺激口腔黏膜，就会经常长溃疡。不良习惯： 长期吸烟、酗酒，烟草中的尼古丁和酒精的刺激会损伤口腔黏膜；喜欢吃辛辣、过烫的食物，也会反复刺激口腔黏膜，使得溃疡频繁发生。比如每天吸烟超过20支的人，患口腔溃疡的频率比不吸烟者高3倍左右。