灰指甲治疗有多种方式，一般外用药物治疗时，常用阿莫罗芬搽剂，每周使用1-2次，坚持使用3-6个月可能有效果。
外用药物治疗
阿莫罗芬搽剂：它能抑制真菌细胞膜合成，从而发挥抗真菌作用。使用时要先清洁病甲，然后涂抹，不过一般需要较长时间坚持使用。环吡酮胺乳膏：也可用于灰指甲外用，能改变真菌细胞膜的完整性，影响真菌细胞代谢过程。使用时均匀涂抹在病甲及周围皮肤。
口服药物治疗
伊曲康唑：是一种广谱抗真菌药，采用冲击疗法，即每月服药1周，连续服用3-4个月，不过服用前需要检查肝功能等，因为它可能对肝脏有一定影响。特比萘芬：同样是口服抗真菌药，一般每天服用250mg，连续服用3个月左右，但也需要监测肝功能等指标。
手术治疗
拔甲术：过去曾采用拔甲的方法治疗灰指甲，但现在应用相对减少。因为拔甲痛苦，而且新长出来的指甲也有可能再次被感染，术后还需要配合抗真菌药物治疗。病甲清除术：可以用特殊工具去除病甲，然后再配合外用抗真菌药物等后续治疗，不过术后要注意防止感染等情况发生。
日常护理要点
保持足部干燥：灰指甲患者要尽量保持脚部干燥，因为潮湿环境有利于真菌生长。比如每天洗脚后要及时擦干脚趾间等部位，可以穿透气性好的鞋子和袜子。避免共用物品：不要与他人共用拖鞋、脚盆等物品，防止将真菌传染给他人，同时也避免再次被感染。比如家里有其他人有脚气等真菌性疾病时，更要注意分开使用生活用品。