灰指甲主要由皮肤癣菌等真菌感染引起，治疗方法多样，一般可以通过外用药物、口服药物以及手术等方式来有效治疗。通常外用抗真菌药物疗程较长，可能需要几个月，而口服抗真菌药相对见效快些，但要注意药物的副作用等情况。
外用药物治疗
局部涂抹药膏： 可以使用阿莫罗芬搽剂，它能在指甲表面形成药膜，抑制真菌生长，每周使用1 - 2次即可，坚持使用几个月有一定效果。不过使用时要注意，要先将病甲尽量修薄，这样药物能更好渗透。外用抗真菌软膏： 像环吡酮胺软膏，也可用于灰指甲治疗，每天涂抹在病甲周围皮肤及病甲上，需要长期坚持，一般至少持续3 - 6个月。
口服药物治疗
伊曲康唑： 是一种常用的口服抗真菌药，采用冲击疗法，即服用1周停3周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。它能抑制真菌的麦角固醇合成，从而发挥抗真菌作用，但服用期间要定期检查肝功能，因为可能会对肝脏有一定影响。特比萘芬： 也是口服抗真菌药，每天服用一次，一般手指甲灰指甲需要连续服用6 - 12周，脚趾甲灰指甲需要连续服用12 - 16周。同样要注意可能出现的胃肠道不适等不良反应，且用药前也需评估肝功能情况。
手术治疗
病甲拔除术： 对于单发的灰指甲，可以考虑手术拔除病甲。不过术后要注意伤口护理，避免感染，而且单纯拔甲后新长出来的指甲有可能还是会被真菌感染，所以通常会配合外用或口服抗真菌药物一起使用。比如拔甲后，继续涂抹外用抗真菌药或口服药物巩固治疗。激光治疗： 利用特定波长的激光照射病甲，破坏真菌生存环境，达到治疗灰指甲的目的。一般需要多次治疗，每次治疗时间较短，相对痛苦较小，但费用可能较高，不过它不用口服药物，对肝功能影响小。