灰指甲可以通过外用药物、口服药物以及手术等方法治疗。一般来说，外用抗真菌药物治疗轻度灰指甲有一定效果，比如阿莫罗芬搽剂，每周使用1 - 2次，坚持使用数月可能看到改善。
外用药物治疗
阿莫罗芬搽剂： 它是局部外用的抗真菌药，能抑制真菌细胞膜合成，从而发挥抗真菌作用。使用时要先清洁病甲，然后将搽剂均匀涂抹在病甲及周围皮肤上，每周使用1 - 2次，不过疗程相对较长，可能需要数月才能看到明显效果。环吡酮胺乳膏： 同样属于外用抗真菌药物，通过改变真菌细胞膜的完整性，影响真菌的代谢过程来发挥作用。涂抹在病甲部位，每天使用1 - 2次，使用时要注意涂抹均匀，并且要坚持使用，对于较轻的灰指甲有一定的治疗作用。
口服药物治疗
伊曲康唑： 是一种广谱抗真菌药，它可以抑制真菌细胞色素P450酶系统，影响真菌细胞膜合成。服用方法通常是采用冲击疗法，即冲击治疗，每天服用2次，每次2粒（每粒0.1g），连服7天为一个疗程，停药21天，然后开始下一个疗程，一般需要2 - 3个疗程，不过在服用前需要检查肝功能，因为它可能会对肝功能有一定影响。特比萘芬： 能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜的合成。一般每天口服250mg，连续服用的时间根据病甲的情况而定，手指甲灰指甲一般需要连续服用6 - 12周，脚趾甲灰指甲可能需要连续服用12 - 16周，同样服用前也需要关注肝功能情况。
手术治疗
拔甲术： 对于单发的灰指甲，可以考虑拔甲。在局部麻醉下将病甲拔除，不过这种方法创伤相对较大，术后恢复需要一定时间，而且拔甲后还需要配合抗真菌药物治疗，并且拔甲后新长出的指甲可能需要较长时间才能恢复正常状态。激光治疗： 利用特定波长的激光照射病甲部位，通过光热效应等作用来抑制真菌生长。激光治疗相对创伤较小，但是可能需要多次治疗才能达到较好的效果，而且不同患者对激光治疗的反应可能有所不同。